5岁的宗介生长在海边小城，他的家就在临海的悬崖上。一天，宗介捡到了一个被海浪冲上岸的废玻璃瓶，里面有条受困的小金鱼。小金鱼名叫波尼，她是人鱼女王的女儿，偷偷驾着水母溜出来玩的时候撞进了瓶子里。宗介把波尼带回了自己家，养在塑料盆里。波尼在宗介家过得很愉快，她很喜欢宗介，宗介也喜欢她。然而，快乐的日子很快就过去了，波尼的爸爸藤本把女儿带回了海底。藤本原是一个渔夫，后来和人鱼女王相爱成了海底的住人。
波尼回家后，十分思念宗介，她做出了一个大胆的决定——她要变成人，和宗介在一起。在妹妹们的帮助下，波尼偷出了父亲的法宝，向人类世界游去。不料，蕴含着危险魔力的生命之水失控了。于是，海水暴涨，暴风狂作，妹妹们变成了可怕的巨型鱼，海浪向宗介一家所在的悬崖扑去……
海边小城被淹没了，波尼没想到自己的美好愿望竟然招来了这样的大祸。她能挽救宗介么？
• 宫崎骏在构思本片时大听瓦格纳的歌剧《女武神》，原定金鱼姬的名字是“布伦西德”（《女武神》中的人物）。后来，宫崎在作画时突发奇想，改成了“波尼”。
• 小男主人公宗介的名字来源于夏目漱石的小说《门》中的人物野中宗助（在日文中，“宗助”和“宗介”发音一样）。
• 在《哈尔的移动城堡》上映期间，吉卜力的成员们集体前往靠近濑户内海的某个小城度假。那里保持着传统民居的风貌，令宫崎骏十分喜欢。大家就住在可以看见大海的悬崖上的旅馆里。这次旅行促生了《悬崖上的金鱼姬》。
• 在宗介常去的向日葵园里，开着美丽的剑兰。这是宫崎骏的安排。剑兰的花语是炽热的爱、思念、努力、忘却，影射波尼的故事。
• 宫崎骏的动画作品中经常有美味的食物，在本片中登场的是理沙为宗介和波尼做的拉面。宫崎本人特别喜欢菠菜拉面，但因为菠菜怎么也画不好，最后面上的绿叶植物改成了葱段。面上还有半个蛋和两片火腿肉。片中有个波尼吃火腿肉的场景，原先作画人画的是波尼拿了上面的一片火腿吃，后来作画监督经过调查考证将之改成了选下面一片火腿——因为先面的那片贴着面汤比较热。对细节的执着体现出宫崎作品的不凡之处。
• 在制作本片期间，宫崎骏每周要做三次按摩，分别在周二、周六和周日。其中周六和周日的两位按摩师是长年来往的熟人，年纪都挺大了。宫崎觉得效果似乎不如以前，才又找了一位新的师傅，追加了周二的按摩。
宫崎骏重出江湖 演绎儿童版《海的女儿》
当吉卜力宣布《地海战记》将由宫崎家的大公子担当导演时，很多人都认为屡屡流露退意的宫崎大师真的要收山了。然而令人惊喜的是，2008年的暑期，这位动画天才又给我们带来了一部自编自导的新作——《悬崖上的金鱼姬》。
《悬崖上的金鱼姬》脱胎于家喻户晓的安徒生童话《海的女儿》。本片的主人公是一条馒头脸的小鱼，她的尾巴像裙摆一样展开，游动起来煞是好看。这个可爱的小家伙决心离开大海，和自己喜欢的人类男孩在一起，不料却惹出了大祸。宫崎骏笔下的“金鱼姬”脱去了基督教的色彩，变成了稚气的孩子，而以她为中心的故事则是一场面向儿童观众的爱的大冒险。
这部新作情节简洁明快，人物也不多，它没有《幽灵公主》那样沉重的主题，没有《千与千寻》那样目不暇接的庞杂信息，也没有《哈尔的移动城堡》那样壮阔大气的场面。不过，它不单纯，宫崎大师在其中寄托了自身的人生思索和时代诉求。你可以带着一颗孩子的心将它看成美好的童话，也可以带着一颗成人的心读出许多别样的内容。
“每个人都有深藏于意识之下的内在海洋，它与波涛汹涌的外在海洋相通。因此，我要做一部不是把海作为背景而是把它作为主要登场角色的动画。动画描绘少年与少女、爱与责任、海与生命等这些本源性的东西，鼓励人们在这个神经衰弱和不安的时代中向前迈进。”——宫崎骏
通篇手绘制作 吉卜力挑战全新画风
本片集结了宫崎骏最为信赖的动画精英。作画监督是从《魔女宅急便》开始跟随宫崎的近藤胜也，美术监督则是自《幽灵公主》以来活跃于第一线的吉田升，此外还有经验丰富的画面导演奥井敦和色彩设计保田道世。
吉卜力的动画人们此番进行了返璞归真的大胆尝试——全篇动画完全不用CG，全部采用手绘，令画面呈现出儿童图画书式的素朴画风。这种闪耀着新鲜气息的怡人画风为作品注入了饱含暖意的温柔。
据说宫崎骏改变画风的念头是受到了西洋艺术的启发。在本片开始之制作之前，宫崎骏在英国伦敦的泰特美术馆看到了米莱斯的名画《奥菲丽娅》，该作瑰丽的画面令其大为震动，触动了他重新思考作画方式。最后，宫崎骏决定回到原点，摒弃CG，重归动画片的手绘方式，由此诞生了风格迥异于现代动画的《悬崖上的金鱼姬》。
在本片中，与海有关的场面占了百分之八十，宫崎骏对于海水和海浪的表现格外用心。他曾仔细观察暴风雨中的大海，捕捉波涛充满活力的变幻形式，这些心得当然被用到了新作中。同时，片中的大海往往以具有意志的鲜活面貌出现，这种拟人化的手法表现出孩子的眼中的独特世界，形成了充满妙趣且富有冲击力的效果。
《悬崖上的金鱼姬》是一部奇妙的作品，它是宫崎大师炉火纯青的手法和求新求变的理念的结晶。
